vol45. 本庶佑さんの開発したがん治療法について整理してみた

ノーベル医学生理学賞に、本庶佑(ほんじょたすく)さんが受賞。
聞けば、がんに効く薬を発明されたとか。
すでにその薬も実用され、多くの人がガンを克服し、健康を取り戻しているとか。
いやぁ、素晴らしい。

この薬が普及すれば、抗がん剤で苦しむ人々もだいぶ少なくなるのではないか?
そして、現在の死因1位ががんという状況も変わってくるのではないか?

どんな方かを調べて見た。

本庶佑さん

  • 76 歳 (2018/10現在)
  • 京都大
  • 1999年10月、京大医学部長だった本庶さんは既にノーベル賞の有力候補だった
  • 92年に今回の授賞理由ともなったPD-1を発見以来、毎年のように有力候補として注目されてきた

受賞理由は、PD-1という分子を発見したこと

今回の受賞の理由は、PD-1という分子を発見し、がん免疫治療法の急速な進歩に寄与した
事に対するものだという。

PD-1とは何か?調べたら、どうやら以下のようなものらしい。。。。

  • PD1

    • 免疫細胞(T細胞)の表面に発現する
    • 免疫細胞表面に存在するPD-L1と結合することにより、がん細胞を攻撃する免疫細胞
      に、攻撃ブレーキをかける分子
      • 免疫は暴走して自分の臓器や神経を攻撃しはじめることもあるので、そう
        ならないようにブレーキ機能がついている
  • PD-L1

    • がん細胞の表面に発現する分子
    • PD-1と結合する事で、T細胞の活性化を抑止する

がんが生き残るしくみ

がんの全体のメカニズムとしては、以下の通り
- がん細胞ができる。
- 免疫細胞(T細胞)は、他の悪性細胞と同様に、がん細胞を攻撃する
- がん細胞は、免疫細胞から身を守るため、免疫細胞をストップさせる分子(PD-L1)を出す
- このPD-L1と、免疫細胞の表面にあるPD1細胞が結合すると、免疫細胞の活動が抑制され
てしまう。結果、がん細胞は免疫細胞からの攻撃から逃れることになる。

そこで、この仕組みに目をつけ、オプシーボという新薬を開発した。

オプシーボ

  • ニボルマブ(商品名オプジーボ
  • 免疫チェックポイント阻害薬
    • PD-L1とPD-1の結合を阻害する抗体
      • PD-1にピンポイントで結合する抗体
        PD-1受容体すなわち受け皿に蓋(ふた)をして、PD-L1が結合しないようにする。

本庶佑さんが開発した治療方法は、従来のアプローチとは全く異なるアプローチだとか

従来のアプローチ

  • 従来のアプローチは、がん細胞を除去したり破壊したりするアプローチ
  • 手術で切り取るか放射線でぶっ壊し、あとは抗がん剤で追い詰める
    • 小さな取り残しが再発や転移につながらないように
    • でも、がん細胞は『死んだフリ』をして、抗がん剤の治療が終わったら、また動き始める
    • しかも抗がん剤は正常細胞まで大きくダメージを与える
      • がん細胞と闘う免疫細胞や抗酸化機能などの生体防御機能まで損なわれてしまう

まとめ

抗ガン剤に頼らなくても、回復する可能性があるなんて、なんて素晴らしいがん治療法なんだ!! 素晴らしい!!これで平均寿命も劇的に伸びるのでは??

参考

https://www.ono-oncology.jp/contents/patient/immuno-oncology/step3_05.html

vol44. イギリス

出張でイギリスに行くことになった。友人に英語で話そうとすると、あれ??イギリスっ
て英語でなんて言うんだっけ?とふと疑問に思った。

https://kotobank.jp/image/dictionary/nipponica/media/00020386000107.jpg

ぱっと思いつくだけで、イギリスを表す言葉がいくつかある

なんで、こんな色々な言い方があるんだろう。 ということで、調べてみた。

イギリスとは

イングランドとは

グレートブリテンとは

https://1ovely.com/wp-content/uploads/2017/09/OrdnanceSurvey-e1504560046834.png

ブリティッシュとは

「イギリスの」「イギリス人の」「イギリス式の」を表す英単語 British

イングランド人を呼ぶ時は、English スコットランド人を呼ぶ時は、Scottish ウェールズ人を呼ぶ時はWelsh 北アイルランド人を呼ぶ時は、Nothern-Irish

「日本の」「日本人の」「日本式の」はJapanese

参考

ここのまとめサイトがうまくまとまっている。

matome.naver.jp

ユニオン・フラグ(連合王国旗)は、イングランド、スコットラ
ンド、北アイルランドの旗が合成されてできたものだったのね。
知らなかった。

https://d21hrr2lgpdozs.cloudfront.net/image/column/org/320d84be48a12e3f211c29e263294309.jpg

他に参考したサイトはこちら
- https://e-concern.com/uk/#i
- https://1ovely.com/united-kingdom-or-great-britain/
- https://schoolwith.me/columns/32142

vol43. DNSサーバーとping

たまに、dns server が落ちたりして、名前解決ができない事がある。

これまで、dns server の生存確認に、以下のように、ping を使っていたのだが、

$ ping 156.154.70.1

ping は通らないけど、dnsは動いているということがあるのね。。
(下のスクリーンショットから、ping の応答はないけど、DNSのresponse はあることが確認できる。)

f:id:john-rama01:20181002071613p:plain

まぁ、冷静に考えれば、そのdns server がicmp プロトコルをサポートしていなければ、
ping に対する応答がないのは当然であるといえば当然なのだが、
icmp はすべてのネットワーク機器はサポートしていると思い込んでいた。。

少しググると、dns のquery メッセージは、dig コマンドで投げることができる。
DNS server が生きていれば、DNS response メッセージを返すので、
これで確認できる。

dig [@server]

$ dig @156.154.70.2 ; <<>> DiG 9.9.5-9+deb8u5-Debian <<>> @156.154.70.2
; (1 server found)
;; global options: +cmd
;; Got answer:
;; ->>HEADER<<- opcode: QUERY, status: NOERROR, id: 1469
;; flags: qr rd ra ad; QUERY: 1, ANSWER: 13, AUTHORITY: 0, ADDITIONAL: 1

;; OPT PSEUDOSECTION:
; EDNS: version: 0, flags:; udp: 4096
;; QUESTION SECTION:
;. IN NS

;; ANSWER SECTION:
. 512788 IN NS a.root-servers.net.
. 512788 IN NS b.root-servers.net.
. 512788 IN NS c.root-servers.net.
. 512788 IN NS d.root-servers.net.
. 512788 IN NS e.root-servers.net.
. 512788 IN NS f.root-servers.net.
. 512788 IN NS g.root-servers.net.
. 512788 IN NS h.root-servers.net.
. 512788 IN NS i.root-servers.net.
. 512788 IN NS j.root-servers.net.
. 512788 IN NS k.root-servers.net.
. 512788 IN NS l.root-servers.net.
. 512788 IN NS m.root-servers.net.

;; Query time: 20 msec
;; SERVER: 156.154.70.2#53(156.154.70.2)
;; WHEN: Mon Oct 01 18:04:31 EDT 2018
;; MSG SIZE rcvd: 239

ちなみに、Linux では、dns server の設定は、/etc/resolv.conf で行う。

$ cat /etc/resolv.conf
domain ol.csi.178
search ol.csi.178
nameserver 156.154.70.1

nameserver の後のip address がDNS server のip address だ。

vol42. Quitaについて調べてみた

疑問

何か技術情報を調べるためにググると、最近はよくQuitaのサイトに投稿されている記事 がヒットする。

「Quitaって何だろう?」
「Quita はエンジニアに評判がいいと聞くけどなんでだろう?」
「なんでみんな技術ネタはQuita に投稿するの?」

ふと疑問に思ったので、Quitaについて少し調べてみた。

Quitaは

  1. 日本で最大のプログラマーコミュニティー

    ユーザーはプログラマ。彼らは、クラウドに技術情報を投稿し、

    • 言語化することで自分の知識を整理
    • 自分の備忘録
    • 他者にも最大限貢献したい という目的を果たしている。
  2. 再利用可能な技術情報共有サイトというコンセプトに則って、サイトが設計されている

    • 情報の取得がしやすい仕組みを整えている。(フォローやストック、ニュース フィード機能など。)

Quitaの概要

  • プログラマの技術情報共有サービス
    • プログラミングに関する様々な知識を ユーザー同士が活発に共有
    • ユーザーは、プログラマーが中心
      • 97%が日本国内(都内から約半数)からのアクセス、男性が91.4%をしめる
    • 2016年時点で日本最大のプログラマーコミュニティとされている
  • 2011年にQuita を開発、公開
  • 運営は、Increments
    • 2017/12にエイチームの完全子会社に
    • ミッションは「エンジニアを最高に幸せにする」

Quitaの特徴

  • 再利用可能な知識の保存が目的
  • ニュースフィード
    • エンジニアに特化した
  • フォロー
    • 興味のある言語をフォローできる
  • ストック
    • 興味のある記事をストックし、後で閲覧できる

感想

確かにQuitaのサイトを覗いてみると、UIは情報を検索するのに、使いやすそうな印象を受ける。 日本のエンジニアを応援するようなサービスが増えるのは、1エンジニアとしても嬉しい。

海外ではみな技術ネタはどこに投稿するんだろう? 今度しらべてみよう

vol41. home theater room をつくろう

https://4.bp.blogspot.com/-RCQZkNkDQyM/WOdD2he7-UI/AAAAAAABDmk/VVOWD2QL22ITGLmLFl-i8KLR8JVhwYaigCLcB/s800/projector_home_theater.png

ミシガン州に住みはじめてはや1年経過。移住当初は文化の違い、言葉の違いに色々大変
な思いもしたが、最近は、ようやく余裕もでて日常生活を楽しめ始めるようになってきた

一軒家を賃貸しているのだが、アメリカの家には、地下室があるのが一般的。
finishされていない家も多数ある中、幸いなことに、我が家の地下室は物置場とfinishさ れている部屋が一つある。

これまで地下室はほとんど利用されず、たまに子供の遊び場として利用したのだが、家族が 子供の夏休みを利用して帰国し、自分の時間を確保できるようになったため 、このチャンス を逃すものかと、この部屋を念願のhome theater room にすることにした。

地下室のtheater roomは、涼しいので夏はとても快適。大音量を出しても、1階には多少音 が伝わるかもしれないが、寝室のある2階までには迷惑かからないので、真夜中にも好き な映画が音楽が楽しめる。

TVはリビングで使っていた55inch のSHARPのTVを移動、あとは、PS4とDVD/Blueray player (アメリカではregionが日本と異なるため、PS4アメリカのDVDは見れない。 Bluerayはregion freeなため視聴可能)を地下に移動する。あとは、音響だ。理想はもち ろん7.1ch !!

調べ始めると、アンプは思ったよりも安価で手に入る。

  • アンプ
    • Yamaha RX-V583
      • 7.1ch
      • $329
      • airplay 対応
      • Dolby Atmos/DTS:X 対応

www.amazon.com

あとはスピーカーだけど、ググるとうわーめっちゃ高い。一つのスピーカーに5万も払えないよー
。どうしようー。でいろいろ調べてみると、以下のやつが手頃で良さそう。まずはこのエ
ントリーモデルのやつから初めて、もし欲が出て来たら少しずつ買い足していこうかな。

  • Speaker
    • Yamaha NS-SP1800BL 5.1ch
      • $149

www.amazon.com

この世界は本当に「底のない沼」世界で、追求すればするほど、お金が湯水のようにとん
でいくみたい。スピーカー一つに何十万円もかけるらしいので気をつけなくては。。

vol40. RTP関連のRFCたち

RTPにまつわるRFCの内容を整理してみた。

RTP(Real-time Transport Protocol)。音声や動画などのデータストリームをリアルタイ ムに配信するための、通信プロトコル。でも、どういう仕組みで、リアルタイムを実現し ているのか?

RTPはアプリケーション層のプロトコルトランスポート層に通信オーバヘッドの軽く、再送要求のない、UDPを用いるだけでは不 十分なのか?

そんなことをふと疑問に思ったので、調べてみた。

一言でまとめると、UDPはsequence number がないので、順序の組み立てができない。 よって、RTPの「sequence number」を用いて、正しい順番にパケットを並び戻すことができる。 また「timestamp」を用いることで、意図的に遅延したフレームは破棄をすることで、 リアルタイム性を確保できる。

調べてみると、RTP基礎部分のRFCだけでもいくつかあるので、いかにまとめておく。

RTP: A Transport Protocol for Real-Time Applications

  • RFC number
    • RFC3550
    • RFC1889(obsolete)
  • 内容
    • RTP header の定義
      • 送信側のパケット送出タイミングを受信側でも復元できるようにする
        • 符号データのパケット化
        • 送信者のシーケンス番号とタイムスタンプ情報を送信
          • 受信側は、これを参照にリアルタイム性を確保
    • RTP header
            0                   1                   2                   3
            0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 1
         +-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+
         |V=2|P|X|  CC   |M|     PT      |       sequence number         |
         +-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+
         |                           timestamp                           |
         +-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+
         |           synchronization source (SSRC) identifier            |
         +=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+=+
         |            contributing source (CSRC) identifiers             |
         |                             ....                              |
         +-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+
      

RTP Profile for Audio and Video Conferences with Minimal Control

  • RFC number
    • RFC3551
    • RFC1890(obsolete)
  • 内容
    • 符号データごとの具体的なフレーミング方法,すなわちRTPパケットのフォーマット
    • オーティオやビデオデータの圧縮方法ごとにペイロードフォーマットがある  それらを定義

    • 定義されている payload type (audio)

         PT   encoding    media type  clock rate   channels
                    name                    (Hz)
         ___________________________________________________
         0    PCMU        A            8,000       1
         1    reserved    A
         2    reserved    A
         3    GSM         A            8,000       1
         4    G723        A            8,000       1
         5    DVI4        A            8,000       1
         6    DVI4        A           16,000       1
         7    LPC         A            8,000       1
         8    PCMA        A            8,000       1
         9    G722        A            8,000       1
         10   L16         A           44,100       2
         11   L16         A           44,100       1
         12   QCELP       A            8,000       1
         13   CN          A            8,000       1
         14   MPA         A           90,000       (see text)
         15   G728        A            8,000       1
         16   DVI4        A           11,025       1
         17   DVI4        A           22,050       1
         18   G729        A            8,000       1
         19   reserved    A
         20   unassigned  A
         21   unassigned  A
         22   unassigned  A
         23   unassigned  A
         dyn  G726-40     A            8,000       1
         dyn  G726-32     A            8,000       1
         dyn  G726-24     A            8,000       1
         dyn  G726-16     A            8,000       1
         dyn  G729D       A            8,000       1
         dyn  G729E       A            8,000       1
         dyn  GSM-EFR     A            8,000       1
         dyn  L8          A            var.        var.
         dyn  RED         A                        (see text)
         dyn  VDVI        A            var.        1
      
         Table 4: Payload types (PT) for audio encodings
      
    • 定義されている payload type (video)

         PT      encoding    media type  clock rate
                         name                    (Hz)
         _____________________________________________
         24      unassigned  V
         25      CelB        V           90,000
         26      JPEG        V           90,000
         27      unassigned  V
         28      nv          V           90,000
         29      unassigned  V
         30      unassigned  V
         31      H261        V           90,000
         32      MPV         V           90,000
         33      MP2T        AV          90,000
         34      H263        V           90,000
         35-71   unassigned  ?
         72-76   reserved    N/A         N/A
         77-95   unassigned  ?
         96-127  dynamic     ?
         dyn     H263-1998   V           90,000
      
         Table 5: Payload types (PT) for video and combined encodings
      

RTP Payload Format for H.264 Video

  • RFC number RFC6184 RFC3984(obsolete)
  • 内容
    • h264 をRTPにのせる為のpayload format を定義
    • 3種類のpayload structure を用意

      • Single NAL Unit Packet
        • 一つのNAL unitを一つのRTP message で送信する
      • Aggregation Packet
        • 複数のNAL unitを一つのRTP message で送信する
      • Fragmentation Unit
        • 一つのNAL unitを複数のRTP message に分割して送信する
            Table 1.  Summary of NAL unit types and the corresponding packet types
          
            NAL Unit  Packet    Packet Type Name               Section
            Type      Type
            -------------------------------------------------------------
            0        reserved                                     -
            1-23     NAL unit  Single NAL unit packet             5.6
            24       STAP-A    Single-time aggregation packet     5.7.1
            25       STAP-B    Single-time aggregation packet     5.7.1
            26       MTAP16    Multi-time aggregation packet      5.7.2
            27       MTAP24    Multi-time aggregation packet      5.7.2
            28       FU-A      Fragmentation unit                 5.8
            29       FU-B      Fragmentation unit                 5.8
            30-31    reserved                                     -
          
    • Ethernet AVB IEEE1722 で定義されているstream format の一つであるCVFを用 いて、h264 を送信する際も、このプロトコルを利用する

            Value  Name          Description      
            0      MJPEG     MJPEG Format  (RFC 2435)  
            1      H264      H.264 Format  (RFC 6184) 
            2      JPEG2000  JPEG 2000 Video (RFC 5371)  
            IEEE1722-2016 Table 20 format_subtype field for RFC Format より
      

vol39. 日本 vs ポーランド戦で思うこと

mainichi.jp

サッカーW杯2018、1次予選 第3戦の試合をTV観戦した。

結果は0-1の敗戦だったが、日本代表は勝点4で、同H組2位を争うセネガルをフェアプレイ ポイント差でかわして、決勝トーナメントに進むことが出来た。

でも、観戦している中で日本代表がとった戦術について、いろいろな感情や思いが湧いて きた。きっと、この後、賛否両論、いろいろな意見がネットを中心にとび交うであろう。

その中の一つの意見として、自分もここに意見を述べてみたいと思う。

状況

状況はこうだ。

酷暑、前試合から中3日という状況だったため、日本代表は、先発を6人いれかえ、コンデ ィションのよい選手を優先させた。

試合内容は、日本代表が優勢、後半もチャンスがいくつかあった。しかし、後半14分にフ リーキックから失点。この時点ではコロンビア-セネガルは0-0の同点だったため、追いつ かないと決勝トーナメントに進めない状況。乾を投入し、点を取りにいくが、チャンスを つくれない。ボールも持てない。逆に、カウンターで更に失点する危機が多数。川島の2 度のスーパーセーブでなんとか持ちこたえる状況。

そんな中、 後半29分に、コロンビアが1点決めた。この時点で、セネガルと日本は勝点 数、得失点数、総得点数が共に同じ、直接対決は引き分け、という珍しい状況が起きた。 この場合、フェアプレイポイントと呼ばれる、もらったイエローカードやレッドカードか ら算出されるポイントで上位が判定される。そのフェアプレイポイントの差で日本が2位 の状態となった。

日本は攻めに行くも、まったくボールも奪えず、ボールを奪ってもまともな攻撃ができな い状況。その後、日本は長谷部を投入。セネガルがこのまま負けることを願い、守りには いったのだ。

ボールを保持した状態では、まったく攻めずにボールを回すだけ。守備では、カードをも らわないように接触プレーをさけてのディフェンス。ポーランドも勝っているので、特に ボールを追いかけない。観客からは大ブーイング。結果的にそのまま0-1で日本敗戦のま ま、試合終了。セルビアも0-1でコロンビアに破れ、試合終了。 結果、日本の決勝トーナメント進出が決まった。

感じたこと

この試合を観戦し終わって感じたことは、決勝トーナメントに進めるのは素直に嬉しい。 日本代表の試合が少なくとももう1試合みれるから。

でも、これは、後悔する戦い方だったと思う。

もし、セネガルが点を決めて追いついていたら、日本は決勝トーナメントに行けなかった 。その為に、決勝トーナメントにいけなかったら、本当に悔やんでもくやみきれない、他 者依存の戦い方だ。

それよりは、リスクを犯して1点を取りにいき、同点を目指して勝点を奪い、自力で決勝 トーナメントに進む戦いを目指してほしかった。後半失点するまでのパフォーマンスを見 ていたら、日本が攻めにいって、ポーランドから1点を奪える可能性は十分にあったと思 う。

反対論

客観的に考えるために、反対論を考えみよう。

リスクを犯して1点を取りにいき、2点目をポーランドに奪われた時にどう思うだろうか? やはり悔しい。後に、守りに入ればよかったと後悔するか?確かにするかもしれない。

失点後のパフォーマンス。著しく攻めてを欠き、ボールが繋がらず、セカンドボールが奪 えない。

  • 攻めの交代選手を入れて得点できる可能性、その時の失点する可能性
  • 守りに入って、カードを貰わずに失点しない可能性
  • セネガルが得点するであろう可能性

これらの可能性をすべて鑑みて出した結論が、西野監督のチョイスだったのだろう。 そういった意味では、結果論でいうと、正しい決断だという意見も一定の理解はできる。

まとめ

でも、そもそも何故、選手はワールドカップに出場したいと思うのか?

ワールドカップには、世界最高レベルで、全世界が見守る中で、自分達の力を試すために 、試合自体を楽しむために出場したいのではないのか?セネガル戦で、守って勝つより、 自分たちのプレーをして、みんなでカバーしながら戦おうという選択をして、守りきった ではないか!!あの時の気持ちを出してほしい。

もう一度言う。日本代表が予選を突破できたことは本当に嬉しい。 でも、もし全く同じ状況に、将来もう一度直面したら、その時は、ぜひとも戦ってほしい。 チャレンジしてほしい。それが皆に勇気を与えると思う。感動を与えると思うんだ。

勝っても負けても、日本代表として、日本人でよかった、 日本人が誇らしいという思えるような戦いを期待する!!

がんばれー、日本!!

追記 (2018/6/30)

試合後1晩が経ち、メディアには様々な意見がとび交う。 自分もいろいろな意見を聞き、西野監督の試合後の記者会見の模様をみて、出てきた思いは、

  • 世界の最前線でやっている人間こそ、肯定的な意見を表明している
    本当に厳しい世界で戦っているからこそ、なにがあっても結果を求める姿勢が大事なの ではないか?
  • 同じ日本人なのだから、仲間を守らなくてどうする?

試合中は、試合をみていても楽しくなかったし、やる気のないプレーに怒れたりもしたけ ど、その後冷静になってみると、西野監督や選手達も複雑な思いをもった決断だったんだ と改めて理解できた。そして、そういう中で、短い時間で判断し、結果をもぎ取った。

世界でも賛否両論があるが、ここは、日本のサポーターとして、日本人とて、日本代表を後 押しできるよう、決勝トーナメントに連れて行ってくれた監督の判断を支持したい。

本当に難しい戦いになると思うけど、もしベルギーに勝ったら、すべてが報われるような 気がする。がんばれ、日本!!